Neo, 20 yıldır bir şirkette oyun tasarımcısı olarak çalışmaktadır. Matrix’te son yaşanan olaylar, Smith’le yaşananlar, Neo’yu derinden etkilemiş, mental sağlığını yerle bir etmiştir. Artık gerçek dünyada, sıradan insanlar gibi yaşayan Neo, Matrix’in sanrılarından korunabilmek için hap kullanıp terapilere gitmektedir. Neo için Matrix artık sadece bir bilgisayar oyunundan ibarettir. Derken kadim Morpheus tekrar belirir. Morpheus sayesinde Neo Matrix’i tekrar hatırlayıp, mavi hapı seçme şansını elde etse de bütün bunların bir halüsinasyon olduğunu düşünmektedir. Neo kısa süre sonra bunların, Matrix’in gerçek olduğunu, 20 yıldır da kendisi olmadan bir savaş verdiğini fark eder. Neo, Matrix’e girer ve Trinity’yi kurtarmak için isyancı gruplardan birisi ile iş birliği yapmaya başlar.
