Film, üç yıl boyunca kayıp olan ve son görevinde teröristler tarafından yakalanana kadar izi sürülemeyen bir RAW saha ajanı olan Pathaan'ın hikayesini anlatmaktadır. Bilgi almak için ona işkence ederler ama sonunda serbest kalır ve düşmanlarının pençesinden kurtulur. Hikâyenin diğer ucunda, gizli bir ajan olarak Deepika Padukone, John Abraham'ın canlandırdığı Shabir Ansari adlı bir uyuşturucu lordunun peşine düşer, ancak hiçbir ipucu bulamaz. Asistanı Pathan'a katılarak, kendi babalarını öldüren ve dünyanın dört bir yanındaki barışçıl şehirleri terörize etmeye devam eden uyuşturucu baronunun peşine düşerler.