Three Thousand Years of Longing, fantastik ve sürükleyici bir hikâyeyi ele alıyor. Her şey İstanbul’da sıradan bir otel odasında başlar. Küçük bir kavanoza hapsedilmiş olan bir cin, kendisini bir bilgin olan Alithea‘ya gösterir ve ikili arasında uzunca bir sohbet başlar. Sohbet sonunda aralarında küçük bir antlaşma yaparlar. Eğer ki kavanozdaki Cin, Alithea sayesinde serbest kalıp dışarı çıkabilirse, cin de Alithea ne isterse onu yapacaktır. Ancak bir sıkıntı vardır ki Alithea’nın dilekleri neredeyse yirmi yılı bulacaktır. Bu da aralarındaki anlaşmanın süresinin uzaması demektir. Bu süre zarfında da ikilinin arasındaki sohbet de gittikçe ilerleyecek ve filmde beklenmedik şeyler gelişecektir.
